Alors que Yuuji se retrouve détenu pour son implication présumée dans une organisation terroriste internationale, les élèves restantes de l'Académie Mihama constatent que le temps leur est compté, car l'école doit fermer dans le mois en raison de problèmes financiers. Au cours de l'année écoulée, cependant, les filles de Mihama ont enfin commencé à prendre leur envol, grâce à son implication. Confrontées à la fin de leur séjour à l'Académie Mihama et à la séparation de l'homme qui a changé leurs vies, Amane, Makina, Sachi, Yumiko et Michiru se retrouvent dos au mur, devant affronter des pays et des organisations bien plus grands qu'aucun individu ne pourrait l'espérer.
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